Zrodil se z prosté potřeby zasytit se a využít dostupné suroviny – mouku, starší chléb a vodu. První zmínky o podobných pokrmech pocházejí už ze středověku. V německy mluvících oblastech se objevovalo slovo Knödel, označující kouli z těsta či strouhanky vařenou ve vodě. Tyto jednoduché „koule“ se postupně šířily po celé střední Evropě a nacházely různé podoby v rakouské, bavorské, maďarské i české kuchyni.
Ve středověku se knedlíky vařily hlavně z chlebového těsta, často z přebytků nebo zbytků jídla. Byly to pokrmy vydatné, levné a ideální pro venkovský lid. Zásadní proměnu přineslo 18. století, kdy se do Evropy rozšířily brambory. Bramborové těsto dalo vzniknout nové variantě knedlíku, která se rychle ujala. Bylo levnější, výživnější a chuťově jemnější. Postupně se vedle chlebových začaly připravovat i kynuté houskové knedlíky, ideální jako příloha k omáčkám a pečeným masům. Každý kraj si přitom uchoval své odlišnosti – v Čechách se preferovala nadýchanost, na Moravě hutnost a sytost.
V 19. století, v době měšťanské kuchyně, se knedlík stal symbolem domácí pohody. Kuchařky se předháněly, kdo má lepší recept, a v kuchařkách Magdaleny Dobromily Rettigové už nechyběly desítky variací. Knedlíky se objevovaly nejen jako příloha, ale i jako hlavní jídlo – především ovocné knedlíky s tvarohem, mákem nebo povidly. Vznikly i regionální speciality, například karlovarský knedlík s bylinkami a rohlíky nebo špekový knedlík z jižních Čech. Z obyčejného těsta se stala ukázka dovednosti a péče, kterou hospodyně věnovala svému stolu.
Ve 20. století se knedlík stal neodmyslitelnou součástí české identity. Po válce a během socialismu byl symbolem vydatnosti a praktičnosti – zasytí, je levný a dá se připravit z mála. V restauracích i domácnostech se stal základem klasických jídel jako svíčková, guláš či pečená kachna. Přestože moderní gastronomie přinesla nové vlivy a lehčí kuchyni, knedlík přetrval. Jeho variabilita a jednoduchost z něj dělají pokrm, který spojuje minulost s přítomností. Každý kousek houskového, bramborového či ovocného knedlíku tak nese kus historie, která chutná stejně dobře už po staletí.